Sicuramente è così ed allora per ogni utente crei, con php, una cartella univoca per ogni utente. Magari usi l'ID della tabella del DB associato ad un nome che indica le immagini uploadate.
Esempio cartella:
img_ - nome statico
id - ID autoincrement (univoco) della tabella del DB.

Infine il nome delle immagini uploadate dovrai scriverle in una tabella affinchè possa poi prenderle per visualizzarle e/o lincarle