Nel frattempo mi sono documentato su un modulo apposito per joomla, chiamato Canonical URL Module.
sembra la soluzione ideale una volta capito come configurarlo :?.. ovviamente se qualcuno lo conosce si faccia pure avanti:)

Un saluto e grazie ancora

Per quanto riguarda il rel canonical questo non fa altro che dire a Google quale sia la "versione ufficiale" della tua url.

Esempio praticissimo.
Inserendo nell'head della pagina pulashock.it/musica/recensioni/1478-negrita-negrita.html il seguente codice
[html]<link rel="canonical" href="http://www.pulashock.it/musica/recensioni/1478-negrita-negrita.html"/>[/html]dico ai motori di ricerca che quella è la forma canonica della url.
Quando quindi essi accederanno a pulashock.it/musica/recensioni/1478-negrita-negrita.html?sms_ss=digg troveranno la stessa riga di codice (poiché sul server le pagine sono identiche) e sapranno di non dover indicizzare la url sbagliata, conoscendo quella corretta; allo stesso tempo quasi tutto il valore dei backlinks eventualmente ricevuti verrà passato verso la pagina originale.

Come immaginerai la procedura può essere ampiamente automatizzabile e a seconda di come gestisci il sito troverai sicuramente un modo per non dover inserire il canonical a mano in ogni pagina.

Vorrei chiarire alcuni punti:
Secondo te tutti i video sono un possibile contenuto duplicato?
Può essere una soluzione cambiare il titolo o la descrizione?

Per quanto riguarda il secondo gruppo vedo che il componente per i video mi ha generato tantissime url sballate..
Ho dato un'occhiata al rel canonical, e se ho ben capito devo agire per ogni url duplicata nella head.. Ma non mi è molto chiaro il suo utilizzo:?

Ho individuato 3 categorie.
Della prima fanno parte le pagine nelle quali l'unico contenuto è un video: senza commenti o presentazioni quelle url non hanno nessuna originalità rispetto a Youtube.
Nel secondo gruppo metto quelle che vedi qui: oltre 256 url, alcune delle quali senza nessun contenuto. Quante visite ti portano tutte assieme?
La terza tipologia di pagina duplicata all'interno degli indici di Google la trovi in questo esempio: vale per parecchi delle tue recensioni.

Per risolvere il primo caso, qualora tu voglia risolverlo, l'unica strada percorribile mi sembra la deindicizzazione.
Il secondo ed il terzo problema possono essere superati grazie al rel canonical.
Tutto sta nel capire quante visite ti arrivano per le varie pagine e dedurre quanto siano utili: tieni presente che in generale, anche qualora i contenuti duplicati non fossero penalizzanti per il tuo sito, consolidando quanto hai già fatto migliori il posizionamento.

@LaBussola said:

Hai provato ad includere nella ricerca eseguita con site: i risultati omessi (con il link che trovi in fondo all'ultima pagina della serp)?
Probabilmente i valori si riavvicineranno.

Se vado all'ultima pagina e clicco su * **ripetere la ricerca includendo i risultati omessi ***ottengo 125 risultati anzichè 121.

Per quanto riguarda i contenuti duplicati, l'unico dubbio che mi viene è in un componente di joomla che pubblicava in automatico gli articoli tramite feed ( con i dovuti link alle pagine sorgenti) può creare problemi secondo voi?
Tutti gli articoli restanti sono originali e scritti di mio pugno.

Strumenti per webmaster continua però ad aumentare le pagine indicizzate nella sitemap.

Se serve questo è il sito pulashock.it

Hai provato ad includere nella ricerca eseguita con site: i risultati omessi (con il link che trovi in fondo all'ultima pagina della serp)?
Probabilmente i valori si riavvicineranno.

L'unica cosa che potrebbe preoccuparti è l'eventuale presenza sul tuo sito di parecchie pagine con contenuti duplicati (o da altre url del tuo stesso dominio o da altri documenti in giro per il web). Valuta tu...

Spero di essere stato chiaro, magari in un'eventuale secondo post inserisci l'indirizzo (senza www e http) del tuo sito così proviamo ad essere più specifici.
Resto a disposizione.

Buon lavoro!