Utilizzo di fopen, permessi del file e sicurezza

[stefano]

Utilizzo di fopen, permessi del file e sicurezza

Per problematiche mie ho bisogno di fare uno script che crei file e cartelle e che sia in grado di modificarli.

Il mio problema NON è fare uno script che tecnicamente funzioni, ma prendere in considerazione tutte le
problematiche di sicurezza del caso.

Ci sono consigli?
Problemi particolari a cui fare riferimento?
Cose da fare assolutamente, o da non fare?

[Aggiunto]
Note
I file sono e risiedono solo ed esclusivamente sul mio server.
I file creati verranno aperti con un include(); che risiede sempre sul mio server.
Non ho bisogno di modificarli via FTP.
[/Aggiunto]