La teoria dice che se hai una pagina con contenuto similare fai un 301 verso di essa.
Se invece la pagina non ha riferimenti va in 404
Certo che perdere l'80% dei contenuti è abbastanza strano... mi piacerebbe capire perché "buttarli"
Vero che mi è capitato un cliente in una situazione similare che aveva creato un "repository" di documenti esempio che in realtà deviavano da quello che era il vero intent del sito... io in quel caso li avevo riposizionati nel blog con una profondità maggiore così che avessero meno importanza ma che mi permettessero di mantenere il contenuto attivo