Premesso che la funzione del bene strumentale dell'immobile in capo alla azienda dovrebbe essere sostenibile in caso di verifica, ad esempio l'immobile dovrebbe avere la destinazione "uffici" e non "residenziale", oppure se "residenziale" bisognerà chiarire l'uso di tale immobile strumentale alle attività della azienda.
Osservo comunque che in caso di acquisto da parte della società, l'immobile sarebbe di proprietà della società ed iscritto tra i beni strumentali, quindi sarebbe di una persona giuridica e più facilmente "aggredibile" da eventuali creditori della società.
Inoltre, qualora consenta un risparmio fiscale (se la destinazione d'uso è coerente con l'attività svolta) e consenta l'acquisto ad esempio mediante un leasing immobiliare, resterà comunque tra i cespiti della società, ed un eventuale passaggio di proprietà (vendita) ad un privato non sarà certo esentasse per la società (ed i soci) che dovrà registrare la vendita in bilancio, e quindi pagare le relative tasse.
Ci sono casi in cui queste operazioni immobiliari sono vantaggiose per importi significativi ed immobili di grande prestigio, secondo me per valori di poche centinaia di migliaia di euro potrebbe non essere così vantaggioso.
Nel caso descritto valuterei l'acquisto personale con mutuo immobiliare (generalmente più vantaggioso di un leasing immobiliare), eseguirei una separazione sulla planimetria delle aree/pertinenze a destinazione "residenziale ad uso privato" e delle aree/pertinenze a destinazione delle "attività produttive", farei un contratto di locazione delle aree/pertinenze delle attività produttive tra il proprietario (persona fisica) e la società (persona giuridica), con le dovute registrazioni all'Ufficio del Registro e valutando il valore della locazione sulla base delle tabelle indicate nel sito dell'Agenzia delle Entrate. Mi sembra la soluzione più semplice e sicura. Ma siccome nel forum ci sono professionisti più esperti di me, magari qualcuno potrà suggerirti meglio.